A sede do SIRP fica no Forte D. Carlos I, também conhecido como “Forte da Ameixoeira”, em Lisboa, que historicamente fazia parte do chamado Campo Entrincheirado de Lisboa – um perímetro que contornava os limites terrestres da capital, numa linha que ia de Sacavém a Caxias. Faziam parte desse conjunto de defesas o Forte de Sacavém (ou Reduto do Monte Cintra), o Forte D. Luís I (Caxias) e o Forte do Marquês de Sá da Bandeira (Monsanto), que eram interligados por uma estrada de comunicação, a Estrada Militar de Circunvalação.
O forte começou a ser construído no final do Século XIX e em 1901 passou a ser guarnecido pela 2ª Bateria do Grupo de Artilharia de Guarnição n.º1.
No contexto da crise que conduziu à queda da Primeira República e à implantação do Estado Novo, o forte sofreu um assalto numa tentativa de golpe militar a 11 de agosto de 1924. A ação foi articulada por um comité que desejava colocar no poder o Partido Radical, tendo como chefe Gomes da Costa e como futuro Ministro do Trabalho José Carlos Rates, primeiro Secretário-Geral do Partido Comunista Português.
Durante a Segunda-Guerra Mundial tornou-se um depósito de munições, passando a albergar 88 paióis. A explosão de um deles a 28 de setembro de 1943 provocou a morte de seis soldados e destruiu a ala sul do edifício. A reconstrução iniciou-se apenas em 1950. Na época, aproveitou-se para remodelar a ala norte do forte. Datam desses anos as modernas instalações de água, esgotos e energia elétrica.
O forte manteve-se como paiol até 1989. No final do século XX os ministérios da Cultura e da Defesa Nacional assinaram um protocolo para que o forte fosse usado para abrigar reservas técnicas patrimoniais dos museus, palácios e monumentos nacionais.
Em agosto de 2006 o Forte D. Carlos I foi afeto à Presidência do Conselho de Ministros, passando a ser a sede do Serviço de Informações de Segurança. Em fevereiro de 2008 passou a acolher também as estruturas comuns e, no final de 2015, o Serviço de Informações Estratégicas de Defesa.
Em fevereiro de 2025 passou a albergar também o gabinete do Secretário-Geral do SIRP.
