A fiscalização dos Serviços é um elemento fundamental à sua atividade, garantindo o cumprimento da Constituição e da Lei e a preservação dos direitos, liberdades e garantias dos cidadãos.
O controlo do Sistema de Informações da República Portuguesa é assegurado pelo Conselho de Fiscalização do SIRP, eleito pela Assembleia da República.
No âmbito da atividade dos centros de dados existe ainda um nível específico de fiscalização assegurada pela Comissão de Fiscalização de Dados do SIRP.